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Il corso tratterà aspetti computazionali della bioinformatica focalizzandosi
sulla modellizzazione e descrizione strutturale delle proteine, sulle reti biologiche ed in particolare sulle reti di interazione di proteine.

Proteine, funzione e reti di interazioni

Programma

Genomica e Proteomica.
Relazione sequenza-struttura nelle proteine.

Confronto, classificazione e allineamento di proteine.
Tecniche di indicizzazione.
Programmazione Dinamic.
Metodi basati su teoria dei grafi.
Metodi basati su matrici delle distanze.

Predizione della struttura di una proteina dalla sequenza.
Metodi ab-initio.
Modellizzazione per omologia.
Protein Threading.

Interfacciamento proteina-proteina. "Docking" di proteine.
Principi di interazione proteina-proteina.
Predizione dell’interfaccia proteina-proteina: integrazione di informazioni geometrica e di sequenza.
Riconoscimento di siti di interazione.
Descrittori geometrici di forme tridimensionali: istogrammi di forme, “signatures”, armoniche sferiche.
Approcci geometrici al docking. Docking flessibile.

Reti biologiche.
Reti di interazioni di proteine.
La struttura delle reti biologiche.
Concetti di base: distribuzione dei gradi, reti “scale-free”, coefficienti di clustering.
Allineamento di reti di proteine.
Scoperta di motivi di rete per l’identificazione di moduli funzionali conservati in specie multiple.

Svolgimento

 Il corso si svolgerà dal 29 febbraio al 29 marzo 2008 presso la Saletta Riunioni del Collegio Cardano (V.le Resistenza, 15).

Esame

L'esame si terrà il 20 maggio p.v. nell' Aula C7 della Facoltà di Ingegneria.

Ambito : Scienze e Tecnologie

Semestre: Semestre II

Anno accademico: 2007-2008