Il Dottorato di Ricerca costituisce il terzo livello della formazione previsto nell'ordinamento accademico italiano ed è volto all'acquisizione delle competenze necessarie per esercitare attività di ricerca di alta qualificazione presso Università, enti pubblici e soggetti privati.
Ha durata minima di 3 anni e comporta un impegno a tempo pieno. Il percorso formativo prevede la definizione e lo svolgimento di un progetto di ricerca sia attraverso programmi di didattica avanzata, sia tramite l'approfondimento individuale, e si concretizza nell'elaborazione di una tesi costituita da uno studio originale del candidato, che contribuisca all’avanzamento delle conoscenze o delle metodologie nel campo di indagine prescelto.
La Scuola Universitaria Superiore IUSS promuove tre programmi di Dottorato: Comprensione e Gestione delle Situazioni Estreme, Neuroscienze Cognitive e Filosofia della Mente, Scienze Biomolecolari e Biotecnologie.

Tutti i programmi di Dottorato della Scuola Universitaria Superiore IUSS sono stati accreditati come innovativi (internazionali, interdisciplinari o intersettoriali) dall’Agenzia ANVUR.