La Scuola Universitaria Superiore di Pavia opera per la tutela della salute pubblica attraverso la ricerca clinica e le collaborazioni scientifico-didattiche con le strutture ospedaliere con cui è in convenzione.
Le collaborazioni attive della Scuola IUSS di Pavia sono con gli Istituti Clinici Scientifici Maugeri dove ha la sua sede il laboratorio di Neuroscienze Cognitive e l'IRCSS Fondazione Mondino che mette a disposizione del Centro Ricerche sulle Demenze della Scuola IUSS tutte le risorse tecnologiche necessarie per le attività di ricerca avanzata, dal livello di ricerca di base (genetica, farmacologia, neurochimica), alla neurofisiologia (EEG ad alta densità, stimolazione magnetica transcranica ed elettrica), alle neuroimmagini (risonanza magnetica ad alto campo), la Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo con cui vi è un rapporto di collaborazione per la promozione della ricerca nel settore di neuroscienze cognitive e neurobiologiche del linguaggio, la Fondazione Poliambulanza di Brescia che svolge istituzionalmente attività ospedaliera di ricovero e cura nonché attività di formazione, anche a carattere universitario e attività di ricerca scientifica, la Fondazione CNAO - Centro Nazionale di Adroterapia Oncologica nata con lo scopo di trattare tumori radioresistenti o inoperabili mediante l'impiego di protoni o ioni carbonio, particelle appartenenti alla categoria degli adroni, l’ASST Grande Ospedale Metropolitano Niguarda la cui collaborazione riguarda le attività di ricerca nel settore delle scienze mediche, con particolare riferimento all’approfondimento delle conoscenze sul sistema nervoso centrale, sia in ottica applicativa sia con riferimento allo sviluppo e perfezionamento di metodiche diagnostiche e terapeutiche.
Altre collaborazioni della Scuola IUSS con strutture sanitarie a carattere scientifico e di ricerca sono con l’IRCCS Eugenio Medea Associazione La Famiglia, ISS Istituto Superiore di Sanità, Ospedale San Camillo IRCCS - Venezia, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata Verona, Fondazione IRCCS Ca' Granda Ospedale Maggiore Policlinico, Istituto Ricerche Farmacologiche Mario Negri e Azienda Socio Sanitaria Territoriale Fatebenefratelli Sacco.