Sotto il profilo della didattica di secondo e terzo livello, il progetto Dipartimenti di Eccellenza si prefigge:

• il consolidamento del Dottorato in Comprensione e gestione delle situazioni estreme, attivo già da quindici anni, attraverso il finanziamento di tre borse di dottorato per i successivi tre cicli sulle tematiche dei filoni di ricerca del progetto, e il contestuale rafforzamento del suo riconoscimento internazionale, tramite l'attivazione di un dottorato "Marie Curie", e la creazione di un programma congiunto con una o più università del Nord America, con alcune delle quali la Scuola IUSS ha già in essere accordi bilaterali per scambi di studenti;
• la promozione della nuova Laurea Magistrale Interateneo in Civil Engineering for Mitigation of Risk from Natural Hazards, da realizzare tramite il finanziamento di borse di borse studio ed aumentare la capacità attrattiva soprattutto tra gli studenti stranieri.