Negli anni recenti la Scuola IUSS ha contribuito al progetto di costituzione della federazione delle Scuole Superiori insieme alla Scuola Normale Superiore e la Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa; il progetto, che per la prima volta in Italia ha implementato un sistema federativo in ambito universitario, ha consentito di promuovere la progettazione di sistema di alleanze con tutte le Scuole Superiori a ordinamento specialeLa Scuola Universitaria Superiore IUSS di Pavia è federata con la Scuola Normale Superiore e la Scuola Superiore Sant’Anna di , gli unici altri due istituti universitari a ordinamento speciale che nel panorama universitario italiano svolgono, secondo standard di eccellenza, attività di formazione sia di tipo undergraduate (Allievi ordinari) che postgraduate (Allievi Perfezionandi e PhD).
La Scuola IUSS persegue la propria autonomia formulando e attuando le proprie scelte programmatiche con particolare riferimento alla attività di formazione e di ricerca e attua la propria responsabilità nel contribuire attivamente al progresso della società con le sue competenze e con i risultati delle sue attività
Con la Federazione tra IUSS, Normale e Sant’Anna nasce una realtà unica nel panorama universitario italiano, una realtà in grado di coniugare la qualità con la quantità e di rendere particolarmente virtuoso questo connubio.
La qualità è quella della ricerca e dell’offerta formativa, elemento distintivo, fondante, di ognuna delle tre Scuole; queste mantengono le proprie specificità e le aree scientifiche caratterizzanti, ma attraverso la messa in comune di docenti, competenze e spazi, e creando centri di ricerca e programmi formativi ad hoc, possono ampliare, potenziare e interconnettere il ventaglio disciplinare, promuovendo tematiche inedite e metodologie innovative.
Normale, Sant'Anna e IUSS collaborano alla promozione congiunta dei rispettivi corsi di studio, svolgono in sinergia corsi di orientamento rivolti ai migliori studenti e studentesse degli istituti scolastici; attuano politiche condivise per quanto riguarda il collocamento delle rispettive istituzioni all'interno del sistema universitario nazionale.
All’interno della Federazione ogni Scuola mantiene la propria autonomia, ma nasce una governance comune – un unico Consiglio di Amministrazione, un unico Collegio dei Revisori e un unico Nucleo di Valutazione – per sviluppare le iniziative congiunte nei settori della didattica, della ricerca e dell’amministrazione, iniziative che hanno come obiettivo la creazione di una vasta e integrata comunità federale, in grado di incidere sull’offerta formativa, sull’avanzamento della ricerca, sull’assetto e la visibilità internazionale del sistema universitario italiano.
La prestigiosa tradizione europea delle Scuole Universitarie Superiori è oggi rappresentata anche nel nostro Paese, a partire dall’esperienza storica della Scuola Normale Superiore, da sei enti: Scuola Normale Superiore (SNS), Scuola Superiore Sant’Anna (SSSA), Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati (SISSA),Gran Sasso Science Institute (GSSI), Scuola IMT Alti Studi Lucca (Scuola IMT) e Istituto Universitario di Studi Superiori (Scuola IUSS).