I Corsi Ordinari sono l'attività formativa pre laurea della Scuola IUSS. Sono corsi di formazione universitaria a carattere avanzato offerti in forma completamente gratuita che si svolgono contemporaneamente al corso di studi universitario prescelto presso l’Università di Pavia o l'Università di Milano (La Statale) e arricchiscono i curricula dei corsi di laurea e di laurea magistrale e magistrale a ciclo unico. Sono destinati a studenti che hanno superato il concorso di selezione per l'ammissione ai Collegi di Merito di Pavia (Almo Collegio Borromeo, Collegio Ghislieri, Collegio Santa Caterina da Siena, Collegio Nuovo) di Milano (Collegio di Milano).  I Corsi ordinari hanno la stessa durata dei corrispondenti corsi di laurea, di laurea magistrale o di laurea a ciclo unico attivati dalle Università presso le quali sono iscritti gli allievi e al termine del percorso rilasciano il titolo di diploma di licenza triennale di primo livello, biennale di secondo livello e laurea magistrale congiunta.

I corsi di dottorato sono rivolti a giovani laureati, comportano un impegno a tempo pieno e sono svolti in lingua inglese. I posti banditi dalla Scuola sono tutti coperti con borsa di studio per l’intera durata del programma. Per i periodi di permanenza all’estero la borsa può essere incrementata nella misura massima del 50%, per un periodo massimo di 18 mesi. Inoltre, a partire dal secondo anno di corso, la Scuola mette a disposizione di tutti gli allievi un budget annuale da destinare alla copertura di spese correlate all’attività di ricerca di importo pari al 10% della borsa.