I Corsi Ordinari sono l’attività formativa pre-laurea della Scuola IUSS. Si tratta di corsi universitari avanzati, completamente gratuiti, che si svolgono parallelamente ai corsi di laurea, laurea magistrale o magistrale a ciclo unico presso l’Università di Pavia o l'Università di Milano (La Statale).  Sono destinati agli studenti e alle studentesse che hanno superato il concorso di ammissione ai Collegi di Merito di Pavia (Almo Collegio Borromeo, Collegio Ghislieri, Collegio Santa Caterina da Siena, Collegio Nuovo) o di Milano (Collegio di Milano).  La durata dei corsi coincide con quella dei corrispondenti corsi universitari presso le università di iscrizione.  Al termine del percorso, la Scuola IUSS rilascia:

• Diploma di licenza triennale di primo livello
• Diploma di licenza biennale di secondo livello
• Laurea magistrale congiunta

I diplomi biennali di secondo livello e le lauree magistrali/ciclo unico hanno valore legale di Master di II livello.

I corsi di dottorato sono rivolti a giovani laureati, comportano un impegno a tempo pieno e sono svolti in lingua inglese. I posti banditi dalla Scuola sono tutti coperti con borsa di studio per l’intera durata del programma. Per i periodi di permanenza all’estero la borsa può essere incrementata nella misura massima del 50%, per un periodo massimo di 18 mesi. Inoltre, a partire dal secondo anno di corso, la Scuola mette a disposizione di tutti gli allievi un budget annuale da destinare alla copertura di spese correlate all’attività di ricerca di importo pari al 10% della borsa.