Elemento centrale di ogni impresa scientifica è la capacità di offrire spiegazioni efficaci dei fenomeni che ci circondano. Spiegare non significa però solamente descrivere o rappresentare, ma anche e soprattutto individuare metodi, principi ed elementi primitivi che consentano di comprendere fenomeni complessi attraverso un continuo sforzo di semplificazione e sistematizzazione, di riduzione di una vasta eterogeneità di dati a strutture e sistemi accessibili e controllabili. In questa prospettiva, la riflessione epistemologica sulle forme della conoscenza e sulle ragioni che le fondano, che contraddistingue il pensiero filosofico ma che si
ritrova ovunque l'organizzazione del complesso in strutture organizzate è cruciale – nella grammatica così come nella matematica, nella teoria della computazione così come nell'analisi del ragionamento logico, nelle neuroscienze cognitive così come nelle scienze fisiche e sociali – non è accessoria ma anzi fondamentale per definire i processi di indagine in ogni ambito particolare del sapere. Nel processo di spiegazione assume quindi un ruolo chiave la riflessione sulla natura e struttura del pensiero stesso, non solo come oggetto indipendente di studio filosofico e scientifico, in quanto modello per lo studio dei processi cognitivi e per l’acquisizione del linguaggio e la costruzione del sapere nei bambini e negli adulti, ma anche nella sua
funzione di guida e di critica della imponente quantità di informazioni alla quale siamo costantemente esposti nella lettura razionale della realtà e, quindi, in tutto il panorama delle scienze empiriche.

Il Tema 3 promuove una rete di indagini epistemologiche che trova fondamento in discipline specifiche – filosofia, linguistica, matematica, neuroscienze (in senso lato e nelle varie declinazioni specifiche come le neuroscienze delle decisioni e la neurolinguistica) – e offre un terreno comune per le interazioni metodologiche con altre ricerche – l'analisi delle decisioni in condizioni di rischio e incertezza, le spiegazioni del cambiamento climatico, la fondazione teorica dell'intelligenza artificiale – che la Scuola promuove nei propri percorsi formativi.