Il Rettore rappresenta la Scuola IUSS ad ogni effetto e ne garantisce l’autonomia culturale, programmatica e organizzativa. È responsabile del complessivo andamento della Scuola IUSS e del perseguimento delle relative finalità

Il Rettore è eletto tra i professori ordinari in ruolo presso le Università italiane e le Scuole ad ordinamento speciale, con almeno sei anni di servizio prima del collocamento a riposo.